杂质和裂纹：在显微镜下观察玛瑙石，查看其是否透明，内部有无裂纹或者杂质，以及图纹的色泽是否优美等2。
红外光谱鉴别染色：玛瑙石颜色丰富，还有染色的情况，可通过红外光谱来鉴别是否为染色玛瑙石2。
硬度
用玉器在玛瑙石上划几下，如果留下划痕，则说明该石头质地较软，可能是假的玛瑙石；反之，如果没有留下划痕，则说明是真的玛瑙石2。
重量
对于体积差不多的玛瑙石，比较重的那个通常为真的玛瑙石，而较轻的可能是合成的玛瑙石2。
透明度
真玛瑙透明度不如人工合成的好，稍有混沌，有的可看见自然水线或“云彩”，而人工合成的玛瑙透明度好，像玻璃球一样透明3。
工艺质量
优质玛瑙的生产工艺严格且先进，其表面光亮度好，镶嵌牢固、周正，无划痕、裂纹。若工艺粗糙，可能品质不佳或为仿制品3。
级别
水胆玛瑙是玛瑙中最为珍贵的品种，其特征是玛瑙中有封闭的空洞且其中含有水3。一般情况下，玛瑙石比雨花石更值钱，但具体还要看两者的品质、稀有度等因素，以下为你具体分析：
普遍情况
从市场的通常情况来看，玛瑙石的价格往往比雨花石高。玛瑙是一种广泛使用的宝石，可用于珠宝制作、装饰品、佛教用品等，市场需求较大，尤其是高品质玛瑙在珠宝市场备受青睐。而雨花石虽然也有一定的价值，但主要用于水墨画墨砚、装饰家居园林等，用途相对较窄，需求也没那么广泛，所以玛瑙石价格通常更高4。
品质影响
玛瑙石：玛瑙石价格因品质和种类不同而有显著差异。红色天然玛瑙品质最佳，价格最为昂贵，紫色天然玛瑙和粉色天然玛瑙也比较值钱。普通大小如鸡蛋或更小的玛瑙原石，价格大概一块在10-20元；来自马达加斯加的小玛瑙原石，价格在20-30元一颗；新疆可制作成葡萄干、筋脉、蚕丝等的玛瑙原石，平均价格通常在40-150元一颗1。
雨花石：雨花石的价值高低也受品质影响，高品质的雨花石具有独特、精美的纹理、图案，颜色鲜艳且质地优良，这样的雨花石因其稀有性和美观性，价值会大幅提升，可能会卖出较高的价格。不过整体上，高品质雨花石在市场上的高价情况相对玛瑙石中的高品质品种来说还是较少的10。红水晶是否比无色水晶更值钱不能一概而论，它们的价值受多种因素影响，以下从不同方面为你分析：
稀有性角度
红水晶：部分红水晶较为稀有，比如CF尼泊尔红水晶，产于尼泊尔，产地稀少、资源有限，这使得它在稀有性上有一定优势，收藏价值较高2。另外，红水晶中的半白半红品种产量稀少，价值也比较高，一般价格都要5000以上14。